蠕动泵引起这种现象的主要原因是系统内存在气泡。此时需要仔细检查输液管与泵头下阀是否拧紧，四氟管有无裂纹等，因为液体在流动时，在流经处产生微小的负压，空气会进入系统。当检查完确认以后，将放空阀逆时针旋转一圈左右后，用手按住运行键，此时，
蠕动泵以最高的流速从排空阀流出，气泡随之流出。当泵头经过清洗后，或者更换流动相时，必须要经过这一相操作。此法效果不佳时，可以将主泵头上阀的压帽松开一点（约三分之一圈左右）存在单向阀内的气泡就可以排除。
当仪器是新购买或较长时间没有使用，有时也会出现此类现象，当确认输液管一切正常时，上述情况也操作过时，效果仍不佳，让泵运转一段时间，也可以达到目的。这是因为宝石阀球、座表面没有充分的被流动相全部浸润，在吸液、排液过程中密封不严，产生倒流现象引起压力、流量不稳定。对流动相而言，要求充分脱气（超声波），最好现用现脱气，不要放置时间过长，否则空气会慢慢的溶解进去。装流动相的瓶子不要受太阳光线的直射，最好放在高一点的地方（高于泵的位置）这样一但有气泡很难进入系统中去（气泡上升）。
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